医疗器械旋磁理疗仪生产过程中的环境管理体系建立应着重考虑以下几个方面：

一、明确环境管理政策

首先，生产企业需要制定明确的环境管理政策，表明其对环境保护的承诺和目标。这一政策应与企业的业务和战略目标相一致，并包含明确的责任分工，确保每个员工都明白自己在环境保护中的职责。

二、进行风险评估

企业应对其业务活动和过程进行风险评估，特别是针对可能对环境产生负面影响的因素。通过风险评估，企业可以识别出生产过程中的环境风险点，如废弃物排放、能源消耗等，并制定相应的控制措施。

三、规划环境保护措施

在项目的规划阶段，企业就应考虑环境因素，并制定必要的环境保护措施。例如，对于生产过程中的废弃物，应建立分类处理机制，确保有害废弃物得到妥善处置；对于能源消耗，应优化生产工艺，提高能源利用效率。

四、建立监控与改进机制

企业应建立环境绩效的监控与改进机制，定期对生产过程中的环境指标进行检测和评估。一旦发现环境问题，应立即采取措施进行改进，确保环境管理体系的持续有效。

五、员工培训与教育

企业应定期对员工进行环境保护方面的培训和教育，提高员工的环境保护意识和技能。通过培训，员工可以更好地理解和执行企业的环境管理政策，为企业的环境保护工作贡献力量。

综上所述，医疗器械旋磁理疗仪生产过程中的环境管理体系建立需要企业在政策制定、风险评估、环境保护措施规划、监控与改进以及员工培训等多个方面进行全面考虑和实施。通过建立完善的环境管理体系，企业可以确保生产过程的环保性，提高产品质量，同时降低对环境的影响。