医疗器械医用无菌保护套产品的可追溯系统建立与运行是确保产品质量、安全及合规性的重要手段。以下是关于该系统建立与运行的详细阐述：

一、系统建立

1. 确定建设目标和范围

目标：建立一套完整的可追溯系统，实现对医用无菌保护套产品从原材料采购、生产、包装、流通到使用的全生命周期追溯。

范围：明确追溯的对象包括原材料、半成品、成品及相关的生产、流通信息。

2. 制定相关政策和标准

参照国家及行业相关法规和标准，如《医疗器械监督管理条例》、《医疗器械生产质量管理规范》等，制定适用于本企业的可追溯性管理制度和操作流程。

3. 确定数据标准和编码规则

建立统一的数据标准和编码规则，确保各环节信息的准确性和一致性。编码规则应涵盖产品批号、序列号、生产日期、有效期等关键信息。

4. 建立信息平台和数据库

利用现代信息技术手段，建立可追溯系统的信息平台和数据库。平台应具备数据采集、存储、处理、查询和报警等功能，确保信息的实时性和可追溯性。

5. 推广和培训

对企业内部相关人员进行培训，提高其对可追溯系统的认识和操作能力。同时，向供应链上下游合作伙伴宣传和推广可追溯系统的重要性，促进整个供应链的协同合作。

二、系统运行

1. 数据采集与录入

在原材料采购、生产、包装、流通等各环节中，通过扫码、输入等方式实时采集和录入相关信息。确保信息的准确性和完整性。

2. 信息关联与追溯

利用信息平台的数据处理能力，将各环节的信息进行关联和整合，形成完整的追溯链条。通过输入产品批号或序列号等关键信息，即可快速查询到该产品的全生命周期信息。

3. 监督与管理

加强对可追溯系统的监督和管理，确保系统的正常运行和数据的安全。定期对系统进行维护和升级，提高系统的稳定性和可靠性。

4. 应急响应与处理

建立健全的应急响应机制，一旦发现产品质量问题或安全隐患，立即启动追溯系统进行问题产品的召回和处置。同时，通过追溯系统查明问题原因，采取有效措施防止类似问题再次发生。

三、挑战与应对

在可追溯系统的建立与运行过程中，可能会面临一些挑战，如数据来源的准确性和一致性、信息平台和数据库的建设和维护成本、不同企业之间的信息不对称等。为应对这些挑战，可以采取以下措施：

加强与供应链上下游企业的沟通与合作，确保信息的共享和一致。

加大对信息平台和数据库建设的投入力度，提高系统的性能和可靠性。

建立健全的数据管理制度和操作流程，确保数据的准确性和完整性。

加强对可追溯系统的宣传和推广力度，提高整个社会对可追溯性的认识和重视程度。

综上所述，医疗器械医用无菌保护套产品的可追溯系统建立与运行是一个复杂而重要的过程。通过明确建设目标和范围、制定相关政策和标准、确定数据标准和编码规则、建立信息平台和数据库等措施的实施以及有效的监督与管理机制的建立可以确保系统的顺利运行并发挥其应有的作用。