医疗器械病毒采样盒ISO13485体系认证的运行时间要求主要涉及质量管理体系的运行时间以及内部审核和管理评审的频率。以下是具体的要求：

生产植入性医疗器械产品：

对于生产植入性医疗器械产品的企业，其质量管理体系的运行时间应至少为六个月。

生产其他医疗器械产品：

对于生产其他医疗器械产品（非植入性）的企业，其质量管理体系的运行时间应至少为三个月。

内部审核：

在质量管理体系运行期间，企业应至少进行一次完整的内部审核。内部审核的目的是检查质量管理体系的符合性和有效性，识别改进机会。

管理评审：

除了内部审核外，企业还应进行一次管理评审。管理评审是对质量管理体系的适宜性、充分性和有效性进行综合评价的活动，通常由企业的高层管理者主持。

前期准备：

企业需要确保质量管理体系的有效性，并按照上述要求运行一定时间后进行内部审核和管理评审。

提交申请：

完成前期准备后，企业需要填写并提交完整的ISO13485认证申请表给认证机构。

审核与认证：

认证机构将对企业的质量管理体系文件进行审核，包括质量手册、程序文件、作业指导书等。

审核通过后，认证机构将进行现场审核，检查质量管理体系的实施情况。

现场审核通过后，认证机构将出具认证报告，并颁发ISO13485认证证书。

认证周期：

从申请到获得ISO13485认证证书的周期大约需要四个月的时间。企业应尽早开始准备，以确保能够及时获得认证证书。

综上所述，医疗器械病毒采样盒ISO13485体系认证的运行时间要求主要涉及质量管理体系的运行时间（至少三个月至六个月）以及内部审核和管理评审的频率（至少各一次）。企业应按照这些要求运行质量管理体系，并准备相关的认证申请和审核材料。