甲型流感病毒抗原检测试剂盒作为三类进口医疗器械，需要办理许可证时通常需按以下流程进行：

准备申请材料：

准备相关的申请文件和资料，包括技术资料、质量管理体系文件、临床试验数据等。

如果有代理公司或中介帮助申请，确保与他们合作并提供所有必要的文件和信息。

选择代理机构：

选择合适的代理机构或者合作伙伴协助办理许可证申请。这些代理机构会提供指导和支持，协助您准备申请文件，确保申请符合规定。

提交申请：

通过选定的代理机构，将申请文件提交给中国国家药品监督管理局（NMPA）进行审批。

技术评审：

NMPA对提交的申请文件进行技术评审，检查文件的完整性、产品的安全性和质量等方面。

现场审核：

针对某些产品，NMPA可能会安排现场审核，对生产制造地点进行实地检查，以确保生产工艺符合要求。

许可证发放：

通过审核后，如果符合相关标准和规定，NMPA会颁发医疗器械三类进口许可证，允许该产品在中国境内合法销售和使用。

这些步骤通常是整个申请许可证过程的主要流程。然而，因产品类型、具体情况和审批机构要求的不同，流程可能会有所调整或者变化。

此外，为确保申请的顺利进行，建议与医疗器械注册代理机构合作，他们通常有更多的经验和了解相关程序，能够更好地指导和支持您完成申请流程。