二级医疗器械冠状动脉功能测量系统产品的许可证办理流程一般包括以下步骤：

1. 准备阶段：

项目规划： 确定产品的研发、生产和销售计划，明确项目的范围和目标。

文件准备： 准备完整的技术文件、质量管理体系文件和其他必要的申请文件。

2. 技术评估和质量管控：

技术评估： 提交技术文件，进行技术评估以确保产品符合技术标准和要求。

质量管控体系： 确保制造厂家的质量管理体系符合要求，包括生产流程、质量控制等。

3. 现场审核和检查：

现场审核： 对制造厂家进行现场审核，确认其生产环境和质量体系符合标准。

产品检查： 对产品进行必要的质量检查和测试，确保其符合规定标准。

4. 申请递交和审查：

申请递交： 将准备好的申请文件递交至医疗器械监管机构。

审查程序： 相关部门对申请文件进行审查、评估和审批。

5. 批复和许可：

审批通过： 若申请文件符合要求，医疗器械监管机构将批准许可证。

颁发证书： 颁发二级医疗器械冠状动脉功能测量系统产品许可证，允许其在特定范围内生产和销售。

6. 后续监管和更新：

合规监管： 获得许可证后，企业需遵守医疗器械监管机构的相关监管要求，包括定期报告、产品更新等。

证书更新： 定期更新许可证，并确保产品持续符合标准和法规要求。

这些步骤可能因地区和国家的不同而有所差异。在整个办理过程中，严格遵守相关法规和标准是确保顺利获得医疗器械许可证的关键。同时，不同国家或地区对于医疗器械许可证的具体要求也可能存在一定的差异，需要详细了解当地的监管政策和流程。