在日本，医疗器械的注册由日本药品医疗器械管理厅（PMDA）管理。要在日本市场销售医疗器械，包括便携式超短波治疗仪产品，需要获得PMDA的批准。

医疗器械的注册程序通常包括以下步骤：

申请资格：确保申请人具备符合PMDA要求的资质和文件。

文件准备：准备完整的注册申请文件，包括产品描述、技术规格、安全性评估、质量控制数据、临床试验数据（如果适用）等。

技术评估：PMDA对提交的技术文件进行评估和审查，以确保产品符合日本的法规和标准。

质量审查：评估产品的质量控制和制造工艺，确保符合PMDA的要求。

文件审查：对提交的文件进行审查，并可能要求补充材料或信息。

审批：PMDA对注册申请进行审批，决定是否批准产品在日本市场销售。

由于每个国家和地区的注册要求和流程不同，建议与当地的代理商、咨询公司或医疗器械注册服务机构合作，以获取新的注册要求和流程信息。他们可以提供指导，并协助您完成医疗器械在日本的注册所需的文件准备和程序。