三类进口医疗器械，特别是磁共振成像系统产品的许可证办理流程通常是一个比较复杂和多阶段的过程。以下是一般的办理流程概述：

准备资料：

准备完整的申请资料，包括产品技术文件、质量管理体系文件、生产许可证、临床试验数据（若适用）、注册申请表格等。

申请递交：

将准备好的申请资料递交给中国国家药品监督管理局（NMPA）或相关部门。

资料审查：

监管机构进行申请资料的审核，对产品技术文件、质量管理体系、临床试验数据进行评估核查。

现场审核（可能性）：

针对特定产品或情况，监管机构可能进行现场审核，验证生产和质量管理过程。

补充文件和信息：

如审查中发现缺少文件或需要补充信息，需及时提供符合要求的补充文件和信息。

评估和审批：

审核合格后，监管机构进行产品安全性、质量、有效性等方面的评估，终决定是否批准许可证。

许可证获批：

如果产品符合相关标准和法规，终将获得医疗器械进口注册许可证。

以上流程是一个概述，实际办理过程可能因产品特性、申请资料的完整性、监管机构的要求等而有所不同。此外，磁共振成像系统这类医疗器械通常属于高风险产品，因此可能需要更加严格的审查和评估。

在办理许可证过程中，建议与的医疗器械注册代办公司合作，他们能够提供指导、协助准备资料、与监管机构沟通协调等服务，帮助顺利完成注册过程。同时，了解并遵守国家药监局或相关机构的法规和流程是非常重要的。