二级医疗器械磁共振成像系统产品的许可证办理过程通常比一般医疗器械更为复杂，因为这类产品通常属于高风险医疗器械，需要更严格的审查和评估。以下是一般的办理流程：

1. 准备资料：

企业资质文件： 包括公司的营业执照、生产许可证、质量管理体系认证证书等。

产品技术文件： 包括磁共振成像系统的技术说明、规格、性能参数、产品注册申请表格等。

质量管理体系文件： 涉及企业质量管理、生产环境、生产工艺流程等文件。

临床试验数据（若适用）： 针对高风险产品可能需要提供符合要求的临床试验数据。

2. 递交申请：

递交申请材料： 将准备好的申请资料递交给国家药品监督管理局（NMPA）或相关部门。

缴纳申请费用： 根据要求缴纳相关的申请费用。

3. 审核和评估：

资料审核： 相关部门对申请资料进行审核，确保资料完整、准确。

技术评估和审查： 对产品技术和安全性能进行严格的评估和审查。

4. 现场检查（可能性）：

现场审查： 针对特定产品或情况，可能进行现场检查，验证企业的生产和质量管理情况。

5. 补充和响应：

补充材料和信息： 如有要求，及时提供符合要求的补充文件或信息。

响应审查问题： 如有审查中的问题，及时响应和配合解决。

6. 审批和获证：

审批流程： 相关部门进行审批和评估，确认符合要求后，决定是否颁发二级医疗器械许可证。

获证： 若申请通过审批，将获得医疗器械二级许可证，允许生产、销售磁共振成像系统产品。

以上流程是一个概述，实际办理过程可能因产品特性、申请资料的完整性、监管机构的要求等因素有所不同。确保资料准确、完整，符合法规要求是非常重要的。如果可能，好在办理过程中与的医疗器械注册代办公司合作，以确保顺利完成注册过程。