于二类医疗器械肠道水疗机的注册，费用可能因不同地区和国家的规定而有所不同。一般来说，二类医疗器械的注册证代办费用大致在5万元到30万元之间，其中代理服务费用占比较大，一般在5万元-20万元左右。因此，对于二类医疗器械肠道水疗机的代办注册费用，建议根据具体地区和国家的规定进行咨询和了解。同时，需要注意的是，选择正规的代办机构和了解相关法规和标准的要求也是确保代办注册可靠性和有效性的重要因素。