医疗器械肠道水疗机产品生产许可证的代办流程如下：

确定产品分类：根据产品的特性和功能，确定产品属于一类、二类还是三类医疗器械。

准备申请资料：根据产品分类和相关法规，准备申请生产许可证所需的资料，如产品技术要求、质量管理体系文件、临床试验报告等。

提交申请：将准备好的资料提交给相应的监管部门进行审核。

审核与现场检查：监管部门会对申请资料进行审核，并可能进行现场检查，以确保生产条件和质量管理符合法规要求。

批准与发证：如果申请资料和现场检查都符合要求，监管部门会颁发生产许可证，准许企业进行医疗器械肠道水疗机的生产。

需要注意的是，代办生产许可证的具体流程和要求可能因地区和产品而有所不同，因此在实际操作中应详细了解相关规定并咨询人士的建议。同时，企业应建立完善的质量管理体系，确保产品的安全性和有效性，并遵守相关法规和标准的要求。