申请二类医疗器械注册肠道水疗机产品的条件主要包括以下几个方面：

申请人应当具有与经营规模和经营范围相适应的质量管理机构或者专职质量管理人员，质量管理人员应当具有国家认可的相关学历或职称。

申请人应当具有与经营规模和经营范围相适应的相对独立的经营场所。

申请人应当具有与经营规模和经营范围相适应的储存条件，包括具有符合医疗器械产品特性要求的储存设施、设备。

申请人应当建立健全产品质量管理制度，包括采购、进货验收、仓储保管、出库复核、质量跟踪制度和不良事件的报告制度等。

申请人应当具备与其经营的医疗器械产品相适应的技术培训和售后服务的能力，或者约定由第三方提供技术支持。

拟经营植入（介入）类医疗器械的，还应配备1名大专以上或中级职称以上的卫生技术人员；拟经营有特殊验配要求医疗器械的，还应配备相关的中专以上学历或初级以上职称的卫生技术人员。

此外，还需要满足一些其他条件，如保证产品质量和安全，遵守相关法规和标准要求等。在满足以上条件的基础上，需要提交完整的申请资料，并经过相关部门的审批和检验，才能够获得医疗器械注册证，进行合法经营。