二类医疗器械肠道水疗机产品注册办理需要按照以下步骤进行：

确定产品分类和监管类别：根据产品特点和监管要求，确定产品属于第二类医疗器械，并了解相关的注册要求和流程。

准备注册资料：根据国家药品监督管理部门的要求，准备注册申请资料，包括产品技术要求、安全风险分析报告、产品使用说明书等。

提交注册申请：向所在地省级药品监督管理部门提交注册申请，并缴纳相应的注册费用。

形式审查：省级药品监督管理部门对申请材料进行形式审查，主要检查材料是否齐全、规范，是否符合相关法规要求。

实质审查：对于通过形式审查的申请，省级药品监督管理部门会组织专家进行实质审查，对产品的安全性、有效性及质量可控性进行全面评估。

临床试验和评估：在进行实质审查后，需要进行临床试验和评估，以证明产品的安全性和有效性。

审核与发证：经过以上步骤后，如果产品符合要求，省级药品监督管理部门会颁发医疗器械注册证，准予上市销售。

需要注意的是，具体注册流程和要求可能因不同地区和不同情况而有所不同，建议在实际操作中咨询当地相关部门或机构，以获得更准确和全面的信息。同时，注册过程中需要遵守相关法规和标准要求，确保产品符合安全、有效和质量可控的要求。