二类医疗器械低频神经和肌肉刺激仪的代办注册费用因不同地区和机构而有所差异。以目前市场上代理第二类医疗器械备案为例，价格通常在30000~60000元之间。其中，代理公司服务的费用大约在40000元左右，其他费用包括国家食品药品监督管理总局的备案费用、监管费用、开具审核补正通知书的费用、证书制作费等。

在选择代办公司时，不要贪图便宜而选择不正规的代办机构。一些非正规机构虽然收费便宜，但在备案过程中可能存在不规范的操作，甚至可能涉及违法行为，给企业带来难以预料的后果。因此，建议选择有信誉、经验丰富的代办机构进行合作，确保代办过程的合规性和顺利性。