二类医疗器械强脉冲光治疗仪的代办注册流程包括以下步骤：

准备相关资质证明文件及申请表（产品综述材料，技术要求及标准，风险分析报告等）。

申请办理二类医疗器械注册证，向所在地省级药品监督管理部门提交申请资料，包括产品技术要求、产品说明书、自检报告、质量管理体系证书等。

等待所在地省级药品监督管理部门进行审核，并进行产品检测和现场检查。

如果审核通过，将颁发医疗器械注册证和生产许可证。

需要注意的是，在办理强脉冲光治疗仪二类医疗器械许可证的过程中，需要遵守相关法律法规和标准要求，确保产品的安全性和有效性。同时，还需要加强质量管理体系建设，提高产品质量和可靠性，以满足市场需求和客户要求。