基因测序仪产品三类进口医疗器械许可证的办理流程涉及多个步骤，以下是一个大致的流程：

准备相关证件和资料：申请者需要准备企业的营业执照、生产许可证和产品注册证明等相关证件。同时，需要准备好产品的技术文件、质量控制文件、生产工艺流程等相关资料。

填写申请表：根据要求填写详细的申请表格，确保填写准确、完整。

提交申请：将填写完成的申请表格以及相关证件和资料一并提交给相关的机构或部门。这可能涉及到在国家药品监督管理部门指定的平台上进行备案，提交产品的详细信息和相关资料。

审核与审批：机构或部门会对申请资料进行审核，包括产品技术评审、生产条件、质量管理体系等多个方面。确保产品的技术性能和质量满足相关要求。

现场核查：申请者可能需要接受国家药品监督管理部门的现场核查，以验证生产条件和质量管理体系的实际情况。

缴纳费用：如果申请被批准，申请者会收到一份需缴纳费用的通知。按时缴纳相关费用，并保存好相应的证明文件。

领取许可证：完成上述步骤后，申请者可以前往指定地点领取二类医疗器械许可证。

需要注意的是，办理三类医疗器械许可证的周期、税金、产品品牌、售后服务等也是需要考虑的因素。同时，申请者应确保所有提交的资料真实、准确，并符合相关法规和标准。

由于具体的办理流程和要求可能因地区和国家政策的变化而有所不同，建议在办理前仔细阅读相关的法规、规章和技术文件，并咨询专 业的医疗器械注册咨询机构，以确保办理流程的顺利进行。