申请超声治疗仪在印度尼西亚FDA注册的过程中，通常需要提交一系列文件以供审查。这些文件可能包括但不限于以下内容：

1. 产品注册申请表格： 包含产品的基本信息，如产品名称、制造商信息、产品规格等。

2. 产品说明书： 包括产品的使用说明、操作方法、技术规格、安全注意事项等详细信息。

3. 产品质量管理体系文件： 例如ISO 13485认证证书或类似的质量管理体系文件，证明生产过程符合国际质量标准。

4. 生产工艺文件： 包括产品的生产流程、工艺图、质量控制流程等。

5. 产品技术规格和性能测试报告： 包括产品的技术规格表、性能测试报告、安全性评估报告等。

6. 临床试验数据（如果适用）： 如果进行了临床试验，需要提交相关的试验数据和报告。

7. 材料安全数据表（MSDS）： 包括产品所使用的材料的安全数据表，产品材料的安全性。

8. 注册申请费用支付证明： 通常需要支付一定的注册申请费用，需要提供支付证明。

9. 其他相关文件： 根据具体情况可能需要提交其他相关文件，如制造厂商的许可证明、产品标签和包装信息等。

以上仅为一般性指导，具体的文件要求可能会因产品类型、注册类别以及印度尼西亚FDA的要求而有所不同。在准备注册申请时，较好直接向印度尼西亚FDA或相关咨询，以完整地满足其要求。