申请将超声治疗仪注册到印度尼西亚FDA需要进行一系列风险评估。以下是可能需要评估的一些方面：

1. 安全性评估： 包括设备设计的安全性、使用时可能存在的风险以及如何较大程度地减少潜在的伤害。

2. 功能性评估： 超声治疗仪在设计和预期用途下的功能完整性和可靠性。

3. 性能评估： 评估设备在正常工作条件下的性能，包括输出功率、频率、波形等参数是否符合规范要求。

4. 生物相容性评估： 设备的材料对人体组织没有毒性或过敏反应，并符合相关的生物相容性标准。

5. 电磁兼容性评估： 设备不会对其周围的电子设备或人体产生不良影响，并符合相关的电磁兼容性标准。

6. 软件风险评估： 对设备中的软件进行评估，其安全、稳定和符合预期功能。

7. 使用说明和标签评估： 产品的使用说明和标签清晰明了，用户能够正确使用设备并了解相关的风险和注意事项。

8. 临床效能评估（可能）： 如果超声治疗仪声称具有特定的治疗效果，可能需要进行临床试验以评估其安全性和有效性。

这些评估旨在超声治疗仪符合印度尼西亚FDA的法规和标准，并且能够在市场上安全有效地使用。