申请超声治疗仪在印度尼西亚FDA注册时，需要特别关注以下几个方面：

1. 注册流程和要求：首先，了解印度尼西亚FDA对医疗器械注册的具体流程和要求，包括所需文件、申请费用、审核时间等。申请过程中的每一个步骤都能够按照规定完成。

2. 产品技术规格：透彻了解超声治疗仪的技术规格，包括设计特点、功能、安全性能等。产品符合印度尼西亚FDA的技术标准和要求。

3. 质量管理体系：建立完善的质量管理体系，产品的生产过程符合，并能提供相关的质量管理文件和证明，如ISO 13485认证等。

4. 临床试验数据：如果需要，提供临床试验数据以证明超声治疗仪的安全性和有效性。这些数据对于注册申请的批准至关重要。

5. 标签和说明书：产品标签和使用说明书符合印度尼西亚FDA的要求，包括语言、内容、格式等方面。

6. 监管要求的变化：随时关注印度尼西亚FDA对医疗器械注册的监管要求和标准的变化，及时调整注册申请材料以符合较新的规定。

通过关注以上方面，并与当地的法规专家或顾问合作，可以更有效地完成超声治疗仪在印度尼西亚FDA的注册申请。