申请超声骨组织手术系统在老挝注册时，需要准备以下主要的质量管理手册和程序文件：

质量管理手册（Quality Manual）：

质量管理手册是组织质量管理体系的核心文件，用于描述和说明质量政策、组织结构、职责分配、流程互动及其相互关系等内容。在申请注册时，质量管理手册应包括对质量目标的承诺和实施方法，产品符合老挝的相关法规和标准。

程序文件（Procedures）：

质量控制程序（Quality Control Procedures）：规定了如何监控产品质量和符合规定标准的程序。

文档控制程序（Document Control Procedures）：规定了如何管理和控制技术文件、记录和其他质量管理文件的程序。

变更控制程序（Change Control Procedures）：规定了如何管理和控制对产品设计、制造过程或技术文件的变更的程序。

内部审核程序（Internal Audit Procedures）：规定了如何进行内部审核以评估质量管理体系的有效性和符合性的程序。

不合格品管理程序（Non-Conforming Product Procedures）：规定了如何处理和管理不合格产品的程序，不合格产品不会流入市场。

程序文件是详细描述和规范质量管理活动和流程的文件。在申请注册时，可能需要以下类型的程序文件：

这些质量管理手册和程序文件是产品质量和符合性的关键文件，申请者需要根据老挝的法规和注册的要求，准备和更新这些文件，并在注册申请中提供相应的证明和文件支持。