手术导航系统申请香港注册的花销会受到多个因素的影响，因此很难给出一个具体的数字。以下是一些可能影响注册花销的因素以及相应的费用估算：

一、基础注册费用

这部分费用通常包括申请表格的填写费、注册证书的办理费等。这些费用相对固定，但具体金额可能会因香港特别行政区管理部门的规定而有所变化。

二、技术文件准备费用

技术规格与性能数据整理：这可能需要聘请的技术人员或工程师来整理和编写，费用会根据他们的水平和经验而有所不同。

安全性与效能数据测试：包括生物相容性测试、电气安全测试等，这些测试需要由的实验室进行，费用会根据测试项目和实验室的收费标准而定。

电磁兼容性测试：对于涉及电子或电气部分的手术导航系统，需要进行电磁兼容性测试，费用也会根据测试的收费标准而有所不同。

三、质量管理体系文件费用

质量管理体系建立与维护：如果制造商还没有建立符合ISO 13485或其他相关质量管理标准的质量管理体系，可能需要聘请的咨询或顾问来帮助建立和维护，这将产生一定的费用。

审核与认证：质量管理体系建立后，需要由第三方审核进行审核和认证，费用会根据审核的收费标准而定。

四、临床试验费用（如适用）

如果手术导航系统需要进行临床试验以证明其安全性和有效性，那么临床试验的设计、实施、数据分析等都会产生费用。这些费用会根据临床试验的规模、受试者数量、观察指标等因素而有所不同。

五、代理与咨询服务费用（如适用）

如果制造商不熟悉香港的注册流程和要求，可能需要聘请的代理公司或咨询公司来提供代理和咨询服务。这些服务费用会根据代理公司的收费标准和服务内容而定。

六、其他费用

在申请注册过程中，还可能会产生一些其他费用，如文件翻译费、公证费、邮寄费等。

综上所述，手术导航系统申请香港注册的花销是一个相对复杂的费用结构，具体金额会根据多个因素而有所不同。因此，建议制造商在申请注册前与香港特别行政区管理部门进行详细咨询，并了解相关的费用估算，以便做好预算和准备。同时，也可以考虑聘请的代理公司或咨询公司来提供全方位的注册服务，以降低注册过程中的风险和不确定性。