手术导航系统申请香港注册的有效期并不是一个固定不变的时间段，它可能会受到多种因素的影响，包括但不限于香港特别行政区对于医疗器械注册的具体规定、产品的类型与特性、注册过程中的具体情况等。

然而，一般来说，医疗器械注册的有效期通常与产品的安全性、有效性和合规性密切相关。在有效期内，制造商需要产品持续符合香港特别行政区管理部门的相关要求和标准。如果产品在此期间内发生了任何可能影响其安全性或有效性的变更，制造商需要及时向管理部门进行报告并申请必要的变更注册。

为了获取较准确的信息，建议申请者直接咨询香港特别行政区管理部门或相关的，以了解手术导航系统申请香港注册的具体有效期以及相关的规定和要求。这样可以申请者能够充分了解并遵守相关的法规和标准，从而顺利完成注册过程并获得合法的销售和使用权限。