手术导航系统申请香港注册时，需要准备的质量管理手册和程序文件主要包括以下几个方面：

质量管理手册是描述组织质量管理体系的纲领性文件，它应涵盖以下关键内容：

组织结构和职责：明确手术导航系统生产企业的组织结构，以及各部门在质量管理体系中的职责和权限。

质量管理体系范围：界定质量管理体系所覆盖的产品、过程和服务范围，手术导航系统及其相关活动均纳入其中。

质量方针和目标：阐述企业的质量方针，以及为实现质量方针所设定的具体、可衡量的目标。

质量管理体系程序：概述质量管理体系中各项程序的基本要求，包括文件控制、记录控制、内部审核、管理评审等。

产品实现过程：描述手术导航系统的设计、开发、生产、检验、包装、储存和运输等过程的质量控制要求。

风险管理：识别、评估和控制与手术导航系统相关的风险，产品的安全性和可靠性。

程序文件是描述质量管理体系中各项具体程序的文件，它应涵盖以下关键方面：

文件控制程序：规定文件的编制、审批、发布、更改、作废和存档等流程，文件的准确性和有效性。

记录控制程序：规定记录的标识、储存、保护、检索、保留和处置等要求，记录的完整性和可追溯性。

设计和开发控制程序：描述手术导航系统的设计和开发过程，包括设计输入、设计输出、设计评审、设计验证和设计确认等阶段的要求。

购买控制程序：规定原材料、零部件和服务的购买要求，以及供应商的选择、评估和监控等流程。

生产过程控制程序：描述手术导航系统的生产过程，包括生产计划、生产准备、生产作业、过程检验和成品检验等要求。

检验和试验控制程序：规定产品的进货检验、过程检验和检验的要求，以及检验设备的校准和维护等流程。

不合格品控制程序：描述不合格品的标识、隔离、评审、处置和预防等要求，不合格品得到有效控制。

纠正和预防措施控制程序：规定对不合格品或潜在不合格品的原因进行分析，并采取纠正和预防措施的流程。

内部审核和管理评审程序：描述内部审核和管理评审的计划、实施、报告和跟踪等要求，以质量管理体系的持续有效性和适宜性。

在准备这些质量管理手册和程序文件时，企业应参考香港特别行政区管理部门卫生署医疗器械科（MDD）的注册要求和指南，文件符合相关法规和标准的要求。同时，企业还应与注册保持密切沟通，及时解答疑问或提供补充材料，以注册申请的顺利进行。