手术导航系统申请香港注册时，是否需要提供电磁兼容性报告主要取决于产品的特性和用途，以及香港相关监管的具体要求。以下是对此问题的详细分析：

电磁兼容性（EMC）报告通常适用于电子产品或使用电子设备的医疗器械，以这些设备在电磁环境中能够正常工作而不会产生干扰或受到干扰。对于手术导航系统这类涉及电子或电气部分的医疗器械，如果需要考虑其在电磁环境下的影响，那么提供电磁兼容性报告可能是必要的。

根据香港医疗器械注册的一般要求，申请者需要准备的技术文件主要包括产品的设计图纸、工程说明书、性能测试报告、生物相容性测试报告等。在这些文件中，电磁兼容性报告可能不是必需的，除非产品特性或监管有明确要求。

与监管沟通：在准备注册申请时，建议申请者与香港相关监管进行沟通，了解具体的注册要求和指导原则。如果监管要求提供电磁兼容性报告，申请者应选择具备相应资质和认证的测试进行测试，并出具具有法律效力的测试报告。

报告真实性：如果申请者决定提供电磁兼容性报告，应报告的真实性、准确性和完整性。报告应由具备相应资质和认证的测试出具，并符合相关的要求。

关注法规变化：申请者应密切关注香港MDD的注册要求和指南的变化，提交的申请文件符合当前的法规和标准要求。

综上所述，手术导航系统申请香港注册时是否需要提供电磁兼容性报告取决于产品的特性和用途以及香港相关监管的具体要求。申请者应仔细阅读相关法规和指南，并与监管进行沟通，以提交的申请文件符合监管的要求。