手术导航系统申请泰国注册在一般情况下并没有明确的地区差异。泰国的医疗器械注册制度是由泰国食品和药物管理局（TFDA）统一管理的，这意味着无论手术导航系统是在泰国的哪个地区申请注册，都需要遵循相同的法规和程序。

具体来说，手术导航系统的注册流程包括准备申请材料、提交注册申请、技术文件评估、临床试验评估（如适用）、检验和审核以及注册证书颁发等环节。这些环节在泰国全国范围内都是一致的，没有地区差异。

然而，需要注意的是，虽然注册流程没有地区差异，但在实际操作中可能会受到一些因素的影响，如地区性的法规执行力度、审批速度等。此外，不同地区的医疗和医生对手术导航系统的需求和接受程度也可能存在差异，这可能会影响产品的市场推广和销售。

因此，在申请泰国注册时，制造商或进口商需要充分了解泰国的法规和TFDA的要求，并准备详细的技术文件和其他必要的申请材料。同时，也需要考虑不同地区的市场需求和接受程度，以制定合适的市场推广策略。

总的来说，手术导航系统申请泰国注册没有明确的地区差异，但需要遵循统一的法规和程序，并考虑不同地区的市场需求和接受程度。