手术导航系统申请泰国注册的花销主要包括以下几个方面：

一、申请费用

基本申请费：这是一项基本费用，通常在几千至几万泰铢之间，具体金额取决于产品类别和注册程序的复杂程度。

专家审查费（如适用）：对于某些高风险或新型设备，TFDA可能会要求额外的专家审查，这将产生额外的费用。

二、技术文件准备费用

技术文档编写费：如果制造商或进口商需要外部专家帮助编写技术文件，如产品设计和性能特征、风险分析、测试报告、使用说明书等，可能需要额外支付费用。

文件翻译和公证费：如果技术文件不是用泰文编写的，还需要支付翻译和公证费用。

三、临床试验费用（如适用）

对于需要进行临床研究的II类和III类医疗器械，如手术导航系统，临床试验费用可能会非常高。这包括试验设计、受试者招募、数据收集和分析等费用。

四、代理或咨询服务费用

如果制造商不位于泰国，通常需要选择并注册在泰国的授权代理来代表其提交注册申请。授权代理可能会收取一定的服务费用。

此外，许多公司选择聘请的泰国TFDA注册咨询进行全程协助，以注册过程的顺利进行。这项费用因而异，但通常也会占据一定的预算比例。

五、其他费用

文件复印和邮寄费：在准备和提交注册申请过程中，可能需要支付文件复印和邮寄费用。

现场审核费用（如适用）：如果TFDA要求进行现场审核，可能需要支付审核人员的差旅和住宿费用等。

综上所述，手术导航系统申请泰国注册的花销涉及多个方面，具体金额因产品类别、注册程序的复杂程度以及所选代理或咨询的不同而有所差异。因此，在申请注册前，制造商或进口商需要充分了解泰国的法规和TFDA的要求，并制定详细的预算计划。