在申请低温冷冻治疗系统泰国注册时，需要准备的质量管理手册和程序文件主要包括以下几个方面：

质量管理手册是质量管理体系的核心文件，用于描述组织的质量方针、目标、职责和程序等。它应包含以下内容：

组织结构和责任分工：明确组织内部各部门的职责和权限，以及质量管理体系中关键人员的职责和权限。

质量方针和目标：阐述组织的质量方针，即组织在质量管理方面的总体方向和原则，以及具体的质量目标，即组织在质量管理方面期望达到的具体成果。

质量管理体系文件的结构和目录：列出质量管理体系文件的结构和目录，以便查阅和管理。

程序文件是质量管理体系的具体操作文件，用于指导和规范各项操作活动。对于低温冷冻治疗系统申请泰国注册，需要准备的程序文件可能包括：

质量管理体系文件的编制、批准、发布和变更程序：明确质量管理体系文件的编制、审核、批准、发布和变更流程，文件的准确性和有效性。

质量记录的管理程序：规定质量记录的收集、整理、归档、借阅和销毁等流程，质量记录的可追溯性和完整性。

设备管理程序：包括设备的选择、购买、校准、维护和保养等方面的规定，设备的正常运行和准确性。

原材料和辅助材料的管理程序：规定原材料和辅助材料的购买、验收、存储和使用流程，原材料和辅助材料的质量符合要求。

生产过程控制程序：包括生产计划、生产作业、工艺流程控制等方面的规定，生产过程的稳定性和可控性。

产品质量控制程序：规定产品检验、测试、验证和确认的流程和方法，产品质量符合要求。

不合格品处理程序：明确不合格品的标识、隔离、处置和报告流程，防止不合格品流入市场。

内部审核程序：规定内部审核的计划、程序、报告和跟踪审核结果的流程，质量管理体系的有效性和持续改进。

这些质量管理手册和程序文件是低温冷冻治疗系统符合泰国注册要求的重要基础。在准备这些文件时，应它们符合泰国食品药品监督管理局（TFDA）的相关法规和指南要求，并经过充分的评审和验证。同时，还需要这些文件在实际操作中得到有效执行和维护。