在澳大利亚，超声骨组织手术系统申请ISO9001质量管理体系认证的流程通常包括以下几个步骤：

一、准备申请材料

申请书：

提交一份正式的由授权代表签署的申请书。

申请书应包含申请方简况（如组织的性质、名称、地址、法律地位以及有关人力和技术资源）、申请认证的覆盖的产品或服务范围、法人营业执照复印件（必要时提供资质证明、生产许可证复印件）、咨询和咨询人员名单、较近一次国家产品质量监督检查情况、有关质量体系及活动的一般信息、申请人同意遵守认证要求并提供评价所需要的信息、对拟认证体系所适用的标准其他引用文件说明等内容。

技术文件：

准备与超声骨组织手术系统相关的技术文件，包括产品说明书、技术规格、质量管理文件等。

其他文件：

根据认证的要求，可能需要提供其他相关文件，如公司运转所需要的行政许可证明、强制性认证证书等复印件。

二、选择认证

查询认证资质：

在国家认监委的网站上查询认证的资质，选择的认证具备从事质量管理体系认证的资质。

考虑认证的服务：

选择服务好、沟通交流方便、有良好信誉的认证。

三、提交申请并签订合同

提交申请：

将准备好的申请材料提交给选定的认证。

签订合同：

在正式审核前，与认证签订质量体系认证合同。

四、接受审核

预审核：

认证可能会进行预审核，以了解公司的实际情况和体系运行情况。

正式审核：

认证将进行现场审核，验证公司的质量管理体系是否符合ISO9001标准的要求。

五、获得认证

整改与验证：

如果在审核中发现不符合项，公司需要进行整改，并邀请认证对整改情况进行验证。

颁发证书：

审核通过后，认证将颁发ISO9001质量管理体系认证证书。

六、持续监督与复审

年度监督复审：

获得认证后，公司需要接受认证的年度监督复审，以质量管理体系的持续有效性。

再认证：

在证书有效期届满前，公司需要申请再认证，以维持ISO9001质量管理体系认证的有效性。

请注意，具体的认证要求和流程可能会因设备分类、技术特性和适用法规的变化而有所不同。因此，在申请认证之前，建议详细了解澳大利亚的法规和认证要求，并可能需要寻求的法规顾问的帮助。同时，公司应质量管理体系的有效运行和持续改进，以满足ISO9001标准的要求。