低温冷冻治疗系统申请澳大利亚注册时，需要提交的质量管理手册和程序文件主要包括以下几类：

质量管理手册是描述组织质量管理体系的纲领性文件，它应涵盖组织的质量方针、质量目标、质量管理体系的结构和职能分配等内容。对于低温冷冻治疗系统制造商而言，质量管理手册应明确以下内容：

质量方针和目标：阐述制造商对产品质量的基本立场和追求，以及为实现这些目标所制定的策略和计划。

质量管理体系结构：描述制造商质量管理体系的组成部分，包括各部门和岗位的职责、权限和相互关系。

质量管理体系程序：概述质量管理体系中各项程序的基本流程和要求，以产品从设计、制造到销售和服务等各个环节都符合相关法规和标准的要求。

程序文件是描述质量管理体系中各项具体活动的操作指南，它应详细规定各项活动的执行步骤、责任人、时间要求等。对于低温冷冻治疗系统制造商而言，需要准备的程序文件可能包括：

文件控制程序：规定文件的编制、审批、发布、更改、回收和销毁等流程，以文件的准确性和有效性。

记录控制程序：规定记录的标识、储存、保护、检索、保留和处置等流程，以记录的完整性和可追溯性。

设计和开发控制程序：规定产品设计和开发的各个阶段（如需求分析、设计输入、设计输出、设计评审、设计验证和设计确认等）的流程和要求，以产品设计符合相关法规和标准的要求。

购买控制程序：规定原材料的购买流程、供应商的选择和评价、购买合同的签订和执行等，以原材料的质量和安全性。

生产过程控制程序：规定生产过程的各个阶段（如生产计划、生产准备、生产实施、过程检验和成品检验等）的流程和要求，以产品的制造过程符合质量管理体系的要求。

销售和售后服务控制程序：规定产品的销售流程、售后服务（如产品维修、退换货等）的流程和要求，以客户满意度和产品质量的持续改进。

此外，根据澳大利亚治疗用品管理局（TGA）的具体要求，制造商可能还需要准备其他特定的程序文件，如风险管理程序、负 面事件报告和处理程序等。

在准备这些质量管理手册和程序文件时，制造商应它们符合ISO 13485等质量管理体系标准的要求，并充分反映制造商对产品质量和安全的承诺。同时，这些文件还应经过相关部门的审批和签字确认，以其有效性和合适性。