在氩气增强电外科系统申请澳大利亚注册的过程中，需要准备的质量管理手册和程序文件主要包括以下几个方面：

质量管理手册是描述组织质量管理体系的文件，它概述了组织的质量方针、目标、程序和要求。对于医疗器械注册而言，质量管理手册应包含以下内容：

质量方针和目标：明确组织的质量方针、质量目标以及实现这些目标的方法。

质量管理体系描述：详细描述组织的质量管理体系，包括组织结构、职责、权限和相互关系等。

质量管理体系程序：列出质量管理体系所包含的程序文件，并简要描述每个程序的目的、适用范围和主要活动。

质量管理体系要求：明确质量管理体系对过程、产品、服务和资源的要求。

程序文件是描述质量管理体系中特定过程或活动的详细步骤和方法的文件。对于氩气增强电外科系统而言，需要准备的程序文件可能包括：

设计和开发控制程序：描述产品的设计和开发过程，包括设计输入、设计输出、设计评审、设计验证、设计确认和设计更改等方面的要求。

生产和服务提供控制程序：描述产品的生产和服务提供过程，包括生产准备、生产计划、生产过程控制、产品检验和测试、产品包装和交付等方面的要求。

购买控制程序：描述原材料的购买过程，包括供应商的选择、评估、合格供应商名单的维护、购买订单的下达和接收等方面的要求。

监视和测量设备控制程序：描述用于监视和测量产品质量的设备的控制和管理过程，包括设备的校准、维护、使用和报废等方面的要求。

不合格品控制程序：描述不合格品的识别、隔离、评审、处置和预防等方面的要求。

纠正和预防措施控制程序：描述针对已发生的不合格或潜在不合格采取的纠正和预防措施的过程，包括问题的识别、原因的分析、措施的制定和实施、效果的验证等方面的要求。

产品标识和可追溯性控制程序：描述产品的标识方法和可追溯性要求，以产品在整个生产和流通过程中能够被准确识别和跟踪。

顾客反馈和投诉处理程序：描述顾客反馈和投诉的接收、分析、处理和回复的过程，以顾客的需求和期望得到满足。

除了质量管理手册和程序文件外，还需要准备其他相关文件，如：

风险管理报告：对产品的风险进行评估和管理，产品的安全性和有效性。

生物相容性测试报告：如果产品与人体组织或体液直接接触，需要提供生物相容性测试报告以证明产品对人体安全无害。

临床评估报告：对产品的临床性能和安全性进行评估，并提供相应的临床数据支持。

产品说明书和标签：提供产品的使用说明、注意事项、警示信息等内容，并产品标签符合澳大利亚的相关要求。

综上所述，氩气增强电外科系统申请澳大利亚注册需要准备的质量管理手册和程序文件涵盖了质量管理体系的各个方面，以产品的安全性和有效性符合澳大利亚的相关法规和标准要求。