在申请氩气增强电外科系统泰国注册时，确实需要提交产品的医学合规性报告。医学合规性报告是对产品安全性和有效性进行全面评估的重要文件，它涵盖了产品的设计、制造、性能评估、临床试验（如适用）等方面的信息。对于医疗器械而言，医学合规性报告是证明其符合相关法规和标准的关键文件，也是申请注册时必不可少的材料。

在泰国，医疗器械的注册由泰国食品药品监督管理局（TFDA）负责。根据泰国的法规要求，申请注册的医疗器械必须提供完整的注册申请文件，其中包括产品的医学合规性报告。制造商应严格按照泰国的法规要求准备和提交医学合规性报告，以充分验证和认可产品的安全性和有效性。

因此，在准备氩气增强电外科系统泰国注册的申请文件时，制造商应包含医学合规性报告，并遵循TFDA的指导和要求，以申请的顺利进行。