超声碎石系统在马来西亚生产时，其工艺流程确实需要认证。以下是关于这一要求的详细解释：

在马来西亚，医疗器械的生产和销售需要遵循严格的法规和标准。其中，医疗器械注册是产品安全性和有效性的关键步骤。根据马来西亚医疗器械管理局（MDA）的规定，医疗器械在注册时需要提交详细的技术文件，这些文件包括设备的工艺流程、设计、制造、性能和操作说明书等。这些技术文件需要经过MDA的评估和审核，以产品符合相关法规和标准的要求。

除了医疗器械注册外，超声碎石系统的生产还需要获得质量管理体系认证。在马来西亚，ISO 13485是关于医疗器械质量管理体系的专用要求。这一标准要求企业的质量管理体系不仅要满足一般的质量管理要求，还要符合医疗器械行业的特殊规定。获得ISO 13485认证意味着企业的工艺流程、质量控制等方面已经得到了国际认可，有助于提升产品的市场竞争力和信誉度。

在工艺流程认证方面，马来西亚的相关法规和标准要求企业：

工艺流程的合规性：企业的工艺流程需要符合马来西亚相关法规和标准的要求，包括设备的设计、制造、组装、测试等环节。

建立完整的质量控制体系：企业需要建立完善的质量控制体系，对工艺流程中的各个环节进行严格的监控和管理，以产品的质量稳定、可靠。

提供必要的证明文件：在申请工艺流程认证时，企业需要提交相关的证明文件，如工艺流程图、质量控制手册、检测报告等，以证明其工艺流程的合规性和有效性。

综上所述，超声碎石系统在马来西亚生产时，其工艺流程需要经过认证。这一要求旨在产品的安全性和有效性，保护患者的健康和权益。因此，企业在生产过程中应严格遵守相关法规和标准，建立完善的工艺流程和质量控制体系，以获得必要的认证和许可。