超声碎石系统申请马来西亚注册的花销因多种因素而异，包括产品类型、注册类别、申请的复杂性以及马来西亚国家药品监管局（NPRA）的审批流程等。因此，很难给出一个具体的数字。以下是一些影响注册花销的主要因素：

注册费用：

NPRA会收取一定的注册费用，这个费用根据产品类型和注册类别的不同而有所差异。

注册费用可能包括初步申请费、审核费、证书费等。

技术文件准备费用：

为了申请注册，需要准备详细的技术文件，包括产品说明书、技术规格、质量控制和制造流程等。

这些文件的准备可能需要聘请或人员进行撰写和审核，从而产生一定的费用。

临床试验费用（如适用）：

如果超声碎石系统需要进行临床试验以证明其安全性和有效性，那么临床试验的费用也将成为注册花销的一部分。

临床试验费用包括试验设计、患者招募、数据收集和分析等费用。

代理费用（如适用）：

如果申请人不是马来西亚境内的公司，可能需要建议一个在马来西亚的本地代理来处理产品注册事宜。

代理费用将包括代理的服务费和可能的额外支持费用。

其他费用：

在注册过程中，还可能产生其他费用，如翻译费、公证费、邮寄费等。

由于以上因素的不确定性，很难给出一个确切的注册花销。因此，建议申请人在开始注册之前，与NPRA或相关的进行联系，以获取更准确的费用估算。同时，申请人也可以考虑寻求的注册代理的帮助，以注册过程的顺利进行并降低潜在的风险。