二类医疗器械医用呼吸湿化器的代办方式可以选择以下几种：

自行申请：企业可以自行准备申请材料，并按照相关流程向监管部门提交申请。这种方式需要企业具备一定的知识和经验，对相关法规和标准有深入的了解。

委托代办机构：企业可以选择委托的代办机构进行申请。代办机构通常具备丰富的经验和的团队，能够提供全方位的代办服务，包括申请材料准备、提交申请、协调监管部门等方面的服务。这种方式可以节省企业的精力和时间，提高申请效率。

合作与研发：对于一些不具备完全自主研发能力的中小企业，可以考虑与大型医疗器械企业或研发机构进行合作与研发，通过技术引进或共同开发的方式，获得医用呼吸湿化器的生产和资质。这种方式可以降低企业的技术门槛和资金投入，同时借助大型企业的资源和经验，加速产品的研发和上市进程。

无论选择哪种方式，企业都需要确保产品符合相关法规和标准的要求，具备可靠的质量和安全性。同时，企业也需要加强自身的质量管理，建立完善的质量管理体系，确保产品的持续合规性和质量稳定性。