手术导航系统申请香港注册时，质量管理文件的准备是至关重要的环节。这些文件旨在证明产品的设计、制造和质量控制符合相关法规和标准，从而产品的安全性和有效性。以下是根据香港相关法规和标准，手术导航系统申请注册时质量管理文件需要包含的主要内容：

质量手册是质量管理体系的纲领性文件，应概述组织的质量方针、目标以及质量管理体系的总体结构和要求。对于手术导航系统而言，质量手册应明确系统的质量控制流程、质量标准和检验方法，以及相关的质量责任和权限。

程序文件应详细描述各项质量活动的具体步骤、责任人和执行要求，各项质量活动能够按照既定流程进行。手术导航系统的程序文件可能包括：

设计和开发控制程序：描述系统的设计和开发过程，包括需求分析、设计评审、设计验证和设计确认等环节。

生产和服务提供控制程序：描述系统的生产过程，包括原材料购买、生产加工、装配调试和检验测试等环节。

质量控制程序：描述系统的质量控制过程，包括进货检验、过程检验和成品检验等环节，以及不合格品的处理流程。

技术文件是支持质量管理体系运行的重要文件，应涵盖产品技术要求及相关标准、生产工艺规程、作业指导书、检验和试验操作规程等。对于手术导航系统而言，技术文件可能包括：

产品技术要求：明确系统的性能指标、功能要求和安全要求等。

生产工艺规程：描述系统的生产工艺流程、工艺参数和操作方法等。

作业指导书：为生产和检验人员提供详细的操作指南，他们能够按照既定流程和要求进行工作。

检验和试验操作规程：描述系统的检验和试验方法、检验设备和仪器、检验标准和判定规则等。

数据记录是对产品设计开发、物料购买、生产、质量控制以及产品放行等活动的详细记录，这些活动的可追溯性。对于手术导航系统而言，数据记录可能包括：

设计和开发记录：包括设计评审、设计验证和设计确认的记录，以及设计更改的记录等。

生产记录：包括原材料购买记录、生产加工记录、装配调试记录和检验测试记录等。

质量控制记录：包括进货检验记录、过程检验记录和成品检验记录等，以及不合格品的处理记录。

除了上述文件外，手术导航系统申请注册时还可能需要提交以下质量管理文件：

风险管理报告：对系统可能存在的风险进行识别、评估和控制，系统的安全性和可靠性。

临床评价报告：如果系统需要进行临床试验，应提交临床评价报告，包括临床试验方案、受试者知情同意书、临床试验报告等。

售后服务和维护计划：提供售后服务和维护的计划，系统在市场上的安全和有效使用。

综上所述，手术导航系统申请香港注册时，质量管理文件的准备应涵盖质量手册、程序文件、技术、文件数据记录和其他质量管理文件等多个方面。这些文件的准备应基于相关法规和标准的要求，并结合系统的实际情况进行编制。同时，文件的编制应注重可追溯性、真实性和完整性等关键要素，以系统的安全性和有效性得到充分保障。